A estação foi aberta em 1891 com o nome de Taipas, e era conhecida como Parada de Taipas. Em meados dos anos 1940, teve o nome alterado para Jaraguá, que era o nome de um posto telegráfico situado um quilômetro antes, sentido Capital-Jundiaí. O seu prédio ainda é antigo.
Em 28/10/83, um incêndio provocado pelos usuários começou a ser restaurada. O prédio hoje mantém as sua características originais e atende aos trens metropolitanos da CPTM. Uma caracteristica desta estação é suas plataformas que não são alinhadas mantendo se uma separação de alguns metros que se deve a topografia do local .
A estação de Pirituba foi inaugurada em 1885 pela São Paulo Railway.
A estação foi o núcleo para a formação do bairro do mesmo nome. Em 1964, passou por reformas e foi construída uma passarela e mais uma plataforma, entregue em 1965 O prédio atual é dos anos 1970. Atualmente atende aos trens metropolitanos da CPTM.
